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Resumen de ordenes básicas de trabajo con el gestor de colas PBS en Hyades
Para que el uso del sistema sea lo mas efectivo posible, todos los trabajos de cálculo
deben enviarse siempre por medio del gestor de colas.
En el siguiente resumen se muestran las ordenes mas importantes para enviar un trabajo
al gestor de colas. El gestor de colas le asignara un procesador cuando le llegue su
turno. El gestor de colas instalado en en Hyades es OpenPBS.
Uso básico.
Para enviar un trabajo a la cola por defecto utilizar:
qsub <script>
Por defecto PBS deposita la salida de los trabajos en ficheros que se crean en el
directorio del usuario.
Para consultar el estado de los trabajos encolados:
qsub <script>
Para cancelar un trabajo:
qdel <identificador>
Mas información en las paginas de manual de qsub, qstat, qdel, y también en la
pagina de software instalado en Hyades.
Envio de trabajos MPI.
Como introducción a la paralelización de programas con MPI puede consultar:
En hyades, para compilar un programa mpi, utilizar:
pgcc -Mmpi programa.c
Los trabajos paralelizados mediante MPI deben también ser lanzados mediante el gestor
de colas. No se debe utilizar directamente el comando mpirun desde Hyades,
excepto para pruebas de corta duración.
Para lanzar el trabajo mpi al sistema de colas, preparar un script que contenga
(ejemplo pidiendo cuatro procesadores):
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=4
cd directorio_trabajo
mpirun -machinefile $PBS_NODEFILE -np 4 nombre_programa
y lanzar este script mediante qsub.
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